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构建病毒基因组自动化鉴定云平台(VIC)助力新型冠状病毒研究、诊治与防控

  

  2月8日,中国科学院上海巴斯德研究所、中国科学院上海营养与健康研究所共同开发,华为提供云计算技术支撑的病毒基因组自动化鉴定云平台(Virus Identification Cloud, VIC)在华为云正式上线。 

  该平台直接对接人体样本的RNA二代测序原始数据,具有对数据全自动质量控制、拼接和病毒组成分析等功能,实现了快速检测样本中可能存在的包括新型冠状病毒在内的各种病毒,并在线分析其相对载量。   

  基因组测序是新型冠状病毒疑似病例确诊的病原学证据之一,国家卫健委发布的《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行第五版)》还要求对鉴别诊断的要求“单从临床表现、胸部影像学难以鉴别,需依靠病原学检测来区分。” 基于基因组分析结果,可精准识别病毒基因特性,监测病毒变异趋势,在疫情防控、疾病诊治、药物筛选、疫苗设计与药物研发等工作中发挥着不可替代的基础性的作用;也将支撑病毒朔源、变异进化、致病机理等研究工作。 

图1:病毒采样与分析流程

  VIC平台实现了从病毒组基因组测序到基因组拼接与鉴定的“一键式”自动化服务,极大简化了操作流程。各医院只需上传病例原始数据至VIC平台(见网址),即可触发病毒基因分析流程,并获得该病例的全基因组分析结果。VIC得到华为云容器平台强大计算能力的支持,可提供高通量多样本并行云端分析能力。分析结果不仅能为全面分析患者的呼吸道病毒组,研究其致病因子提供支撑,亦可助力临床诊断,为采用相应的治疗措施提供参考,同时还可监测病毒变异趋势,便于提前做出应对措施。 

  2 VIC分析流程

  VIC由中国科学院上海巴斯德研究所大数据平台设计,由中国科学院上海营养与健康研究所生物医学大数据中心开发、运维并提供技术支撑,由华为云基因容器提供云服务技术支撑。VIC平台只作为一个计算平台,所有的数据权利属于数据提供方,平台不使用用户数据去发表任何科研论文。在疫情结束前,VIC面向全国用户免费开放。目前,上海市公共卫生临床中心,上海交通大学医学院附属瑞金医院作为平台的首批用户,已在VIC上完成了批量新型冠状病毒肺炎患者样本的基因组原始测序数据分析。 

3 序列物种分布饼图

平台的服务网址是 和  

联系方式:ncov@picb.ac.cn
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